Belgium
Netherlands

VitaPCRTM PLATFORM

VitaPCRTM TECHNISCHE SPECIFICATIES

 

Dimensions 15.5 x 16.5 x 20.5 cm (L*B*H)
Gewicht 1.2kg
Power Supply 12V, 5A
Color Touch Screen 4" capacitieve LCD aanraakscherm
Fluorescence Channel FAMTM / VIC® / ROXTM
Sample Well one
Storage Environment 15-40°C
Operating Environment 10-38°C ; 10-80%RM
Power Adapter INPUT: AC100-240V~2.0A Max, 50-60Hz
OUTPUT: DC 12V - 5A
Note: We strongly recommend using ONLY adaptor provided by Trentron Biomedical Ltd., or adaptors meet the above specifications and CE requirements (e.g.: EN 60950) in order to avoid inaccurate examination or any risk

 


PERFORMANTIE KENMERKEN

Analytische Gevoeligheid (Detectielimiet)
LoD studies bepalen de laagst detecteerbare concentratie waarbij = 95% (19/20) van de replicaten nog positief testen. Voor bepaling van de LoD werd gebruik gemaakt van de volledige lengte van SARS-CoV-2 RNA (het N gen), aangemaakt via in vitro transcriptie. Gekende titers van dit RNA transcript (RNA kopieën/µl) werden gespiked in Sample Collectie Buffer (SCB). De SCB is samengesteld uit negatief klinische matrix materiaal om een klinisch sample zo goed als mogelijk na te bootsen. De samples werden getest met de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test volgens de standaard gebruiksaanwijzing.

De resultaten van deze LoD studie tonen aan dat met de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test 2.73 kopieën SARS-CoV-2 RNA per µl gedetecteerd kunnen worden met een betrouwbaarheid van =95%. Deze concentratie kan daarom gehanteerd worden als de detectielimiet.

 

VitaPCRTM SARS-CoV-2 Assay Data
RNA Concentration (copies/µl) % Replicate Detection Mean Ct Standard Deviation (Ct)
specific SARS-CoV-2 specific SARS-CoV-2
54.5 x 10 0 100 (20/20) 32.7 1.528
5.45 x x 10 0 100 (20/20) 36.33 0.577
2.73 x x 10 0 100 (20/20) 36.83 0.868
2.26 x x 10 0 95 (19/20) N/A N/A
0.55 x x 10 0 65 (13/20) N/A N/A

 

Bepalen van de Specificiteit (Kruisreactiviteit)
Onderstaande organismen werden in drievoud getest in deze studie met de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test, in hoge concentraties (106 CFU/ml voor bacteriën en 105 TCID50/ml voor virussen) om aan te tonen dat het instrument specifiek is voor SARS-CoV-2. De humane A549 cellijn werd gebruikt als standaard matrix, en werd voorafgaand getest onder dezelfde condities om vals-positieve reacties uit te kunnen sluiten.

 

Organism Results (Detected X/3)
Influenza A/California/7/2009 0/3
Influenza B/Malaysia/2506/2004 0/3
Human coronavirus 229E 0/3
Human Adenovirus type 1 (strain Ad71) 0/3
Respiratory syncytial virus (Long A) 0/3
Influenza A (H3N2) 0/3

 

In Silico bepaling van de Specificiteit (Kruisreactiviteit)
BLASTn analyse werd uitgevoerd met de primers en probe van de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test tegen alle publiek beschikbare nucleïnezuur sequenties in GenBank op 6 maart 2020. Deze nucleotidecollectie bestaat uit GenBank, EMBL, DDBJ, PDB en RefSeq sequenties, met uitzondering van EST, STS, GSS, WGS, TSA, gepatendeerde sequenties, fase 0, 1 en 2 HTGS sequenties en sequenties langer dan 100 Mb. De zoektermen werden automatisch aangepast voor korte sequenties en de verwachte drempelwaarde werd ingesteld op 1000. De ‘match’ en ‘mismatch’ scores waren 1 en -3 resp. De ‘penalty’ voor het creëren of verlengen van een ‘gap’ werd ingesteld op 5 en op 2 resp.

De forward en reverse primersequenties voor detectie van specifiek SARS-CoV-2 RNA vertoonden hoge sequentie homologie met coronavirussen van vleermuizen. De probe sequentie vertoonde echter geen sequentie homologie met SARS coronavirus, SARS-like coronavirus van vleermuizen en andere coronavirus genomen (met uitzondering van coronavirus RaTG13 van vleermuis), of het humane genoom. Met de gebruikte combinatie van primers en probe werden er geen mogelijk vals positieve RT-PCR resultaten voorspeld.

De detectie van universeel SARS-like RNA werd ontworpen voor universele detectie van SARS-CoV-2, humaan SARS coronavirus en SARS-like coronavius van vleermuizen; zonder significante homologie voor het humane genoom of voor andere humane coronavirussen dan SARS coronavirus, die mogelijk vals positieve RT-PCR resultaten zouden voorspellen. Dus, via de combinatie van een specifieke SARS-CoV-2 primer/probe set en een universele SARS-like primer/probe set in deze multiplex RT-PCR, werden er geen mogelijk vals positieve RT-PCR resultaten voorspeld.

Studie naar Endogene Interfererende Substanties
Om aan te tonen dat de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test ook operationeel is wanneer een sample getest wordt in aanwezigheid van veelvoorkomende endogene substanties. Om het optreden van mogelijk onverwachte resultaten te verifiëren, werden interfererende substanties individueel getest, alsook werden 2x LoD positieve samples gespiked met deze interfererende substanties. Elke test werd in drievoud uitgevoerd.

 

Interfering Substances: Table below for evaluation of interfering substances for the ability to generate false positive resuts

Potential Interfering Substance Concentration Results (Detected X/3)
Mucin: bovine submaxillary gland, type I-5 0.05% 0/3
Blood (human) 0.1% 0/3

 

 

Interfering Substances: Table below for evaluation of interfering substances for the ability to generate false positive resuts

 

 

Potential Interfering Substance Concentration Viral Strain Level (In 2x LoD) Results (Detected X/3)
Mucin: bovine submaxillary gland, type I-5 0.05% 5.46 x 100 3/3
Blood (human) 0.1% 5.46 x 100 3/3

 

Klinische performantie
Gezien de moeilijke beschikbaarheid van klinische samples van patiënten besmet met SARS-CoV-2, werd de performantie van de VitaPCRTM SARS-CoV-2 test geëvalueerd met behulp van zelf samengesteld klinisch materiaal. Hiervoor werd gebruik gemaakt van de volledige lengte van SARS-CoV-2 RNA (het N gen), aangemaakt via in vitro transcriptie. Gekende titers van dit RNA transcript (RNA kopieën/µl) werden in verschillende concentraties gespiked in 30 negatieve NP of OP swab samples. Hiervoor werden de verschillende concentraties van de RNA transcripten blind, gerandomiseerd en gespiked in Sample Collectie Buffer (4 ml) gebracht, waarin de negatieve NP of OP swab samples werden gewassen. 20 NP of OP swab samples werden gespiked bij een concentratie van 1.5x LoD, 5 bij 3x LoD en 5 bij 5x LoD. Daarnaast werden ook 30 onbehandelde negatieve NP of OP swab samples getest.
Alle 60 samples werden blind en gerandomiseerd verwerkt met de Vita VitaPCRTM SARS-CoV-2 test ter berekening van het Percentage Positieve Overeenkomst (Positive Percentage Agreement; PPA), het Percentage Negatieve Overeenkomst (Negative Percentage Agreement; NPA) en het Percentage Algemene Overeenkomst (Overall Percentage Agreement; OPA), om zo de Diagnostische Nauwkeurigheid te kunnen inschatten.

 

Nasopharyngeal (NP) Specimens Contrived clinical specimen (Expected result)
Variable Status Positive Negative
VitaPCRTM SARS-CoV-2 Assay Positive 30 0
Negative 0 30
Positive Percentage Agreement (PPA (95% Cl)1 100% (91.5 - 100)
Negative Percentage Agreement (NPA (95% Cl)2 100% (91.5 - 100)
Overall Percentage Agreement (OPA (95% Cl)3 100% (91.5 - 100)
Note:
1 Positive Percentage Agreement = [True positives / (True positives + False negatives)] * 100%
2 Negative Percentage Agreement = [True negatives / (True negatives + False positives)] * 100%
3 Overall Percentage Agreement = [(True positives + True negatives) / (True positives + False negatives + True negatives + False positives)] * 100%

 

 

Oropharyngeal (OP) Specimens Contrived clinical specimen (Expected result)
Variable Status Positive Negative
VitaPCRTM SARS-CoV-2 Assay Positive 30 0
Negative 0 30
Positive Percentage Agreement (PPA (95% Cl)1 100% (91.5 - 100)
Negative Percentage Agreement (NPA (95% Cl)2 100% (91.5 - 100)
Overall Percentage Agreement (OPA (95% Cl)3 100% (91.5 - 100)
Note:
1 Positive Percentage Agreement = [True positives / (True positives + False negatives)] * 100%
2 Negative Percentage Agreement = [True negatives / (True negatives + False positives)] * 100%
3 Overall Percentage Agreement = [(True positives + True negatives) / (True positives + False negatives + True negatives + False positives)] * 100%

 

 

 

Onze waarden

10 waarden die het proces van onze groep beïnvloed hebben.

LEES VERDER »